Закладка церкви Иоанна Воина в Краснодаре состоялась во время посещения Патриархом Московским и Всея России Алексием II Краснодара в 1995 году. Торжественное освящение храма состоялось в 2005 году. Церковь св. мч. Иоанна Воина в Краснодаре представляет собой белоснежное здание, украшенное большими панно с изображением святых. Основной объем венчает большой купол, установленный на светлом барабане с венецианскими окнами. Колокольня трехуровневая имеет купольное завершение. Храм стилизован под древнерусское зодчество. Территория вокруг ухожена и оформлена низкими светильниками, дорожками, цветниками и скамейками для отдыха.
Храм св. мч. Иоанна Воина располагается на территории Министерства Обороны, филиала ВУНЦ ВВС, Краснодарского Высшего Военного авиационного училища летчиков им. А. К. Серова. Это дает возможность военнослужащим и членам их семей посещать храм. Поскольку он считается войсковым храмом, особое внимание в нем уделяется духовному окормлению курсантов — будущих летчиков и военнослужащих.
Постоянно ведётся плановая работа с переменным составом училища. Проводятся просветительские беседы, направленные на духовно-нравственное воспитание будущих летчиков. Отец Владимир постоянно присутствует на всех значимых мероприятиях, проводимых училищем: принятие присяги, отправление на полеты, выпуск молодых лейтенантов в воинские части, празднование юбилейных и торжественно-военных дат училища и Вооруженных сил.
Курсанты училища приходят на Богослужения в храм, исповедуются и причащаются. Посещают православную библиотеку «Царственных страстотерпцев», расположенную на территории храма. Проводятся мероприятия совместно с департаментом молодёжной политики края. Ведётся работа с призывниками на Краснодарском сборном пункте. Выступления с разъяснениями, напутствия, раздача крестиков и икон. Продолжается работа в Краевой конфликтной комиссии при военном комиссариате. Ведётся плановая информационно-разъяснительная работа по духовно-нравственной тематике и в других воинских частях: в бригаде железнодорожных войск на ул. Северной и в частях внутренних войск специального назначения.
У храма есть придел в честь иконы Божией Матери «Избавительница». Ведется строительство нового храма во имя праведного Лазаря Четверодневного. По пятницам и субботам настоятель храма беседует с крёстными родителями и венчающимися. Без исповеди и причастия крёстных родителей и венчающихся, таинства крещения и венчания не совершаются.
